BBPOPT dilengkapi dengan sarana dan prasarana untuk mendukung pelaksanaan tugas dan fungsinya. Sarana dan prasarana yang dimiliki BBPOPT meliputi:
- Gedung utama dua lantai seluas 2.364 m2, yang berfungsi sebagai ruang staf, ruang pertemuan, perpustakaan, dan laboratorium;
- Rumah kaca 4 unit, lahan sawah untuk percobaan 12 Ha, dan kebun koleksi Pestisida Nabati;
- Laboratorium entomologi, laboratorium fitopatologi, laboratorium agens hayati, laboratorium VHT, Laboratorium PCR, Laboratorium multimedia, Laboratorium Nabati, Laboratorium Trichogramma;
- Asrama (Dormitori) dengan 3 lantai sebagai fasilitas penginapan bagi peserta pelatihan teknis/magang, terdiri atas 18 kamar instruktur dan 18 kamar peserta, dengan kapasitas hunian sebanyak 60 orang.
